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Jan 09, 2024

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Scientific Reports volume 13, Artigo número: 4241 (2023) Citar este artigo 424 Acessos 2 Detalhes das Métricas Altmétricas Como parte da pandemia de COVID-19, os laboratórios clínicos têm se deparado com

Scientific Reports volume 13, Artigo número: 4241 (2023) Citar este artigo

424 acessos

2 Altmétrico

Detalhes das métricas

Como parte da pandemia da COVID-19, os laboratórios clínicos enfrentaram aumentos massivos nos testes, resultando em sistemas de colheita de amostras, reagentes e escassez de pessoal. Utilizamos amostras de gargarejo salino auto-coletadas para otimizar testes de reação em cadeia da polimerase (PCR) multiplex SARS-CoV-2 de alto rendimento, a fim de minimizar o custo e o tempo do tecnólogo. Isto foi conseguido através da eliminação da extração de ácidos nucleicos e da automação do manuseio de amostras em um manipulador robótico de líquidos amplamente disponível, o Hamilton STARlet. Um script personalizado de leitura de código de barras para leitura da identificação da amostra pelo sistema de software do Hamilton STARlet foi desenvolvido para permitir a amostragem primária do tubo. O uso de misturas de reação do ensaio SARS-CoV-2 pré-congeladas reduziu o tempo de configuração do ensaio. Tanto na validação como no teste ao vivo, o ensaio não produziu resultados falsos positivos ou falsos negativos. Das 1.060 amostras testadas durante a validação, 3,6% (39/1.060) das amostras necessitaram de novo teste, pois eram positivas para um único gene, apresentavam falha no controle interno ou erro de aspiração de líquido. Embora o tempo de resposta geral tenha sido apenas um pouco mais rápido no fluxo de trabalho automatizado (185 minutos versus 200 minutos), houve uma redução de 76% no tempo prático, reduzindo potencialmente a fadiga e o esgotamento da equipe. Este processo descrito, desde a autocoleta de amostras até o teste PCR direto automatizado, reduz significativamente a carga total sobre os sistemas de saúde em termos de recursos humanos e requisitos de reagentes.

A coleta de esfregaço nasofaríngeo (NPS) ainda é considerada o padrão ouro para detecção diagnóstica de SARS-CoV-21,2. Este modo de coleta de amostras tem desvantagens, como desconforto para o paciente e uso intensivo de recursos, pois requer um profissional de saúde (PS) dedicado para coletar com precisão ou supervisionar o processo de coleta de amostras. O mau desempenho da amostragem NPS pode resultar em resultados falso-negativos devido à coleta inadequada/inadequada da amostra. Para resolver esta questão, foram ativamente procurados tipos de amostras alternativas que fossem fáceis de administrar, de preferência por autocoleta, durante a pandemia de COVID-19. A saliva foi o primeiro tipo de amostra não invasiva e não NPS validada e com desempenho semelhante ao tipo de amostra NPS padrão-ouro3,4,5,6. A observação empírica de que o vírus SARS-CoV-2 é estável por > 72 horas nesta matriz7 e, portanto, não requer dispositivos de coleta especializados ou conservantes, abriu possibilidades de realização de coleta de amostras autoadministradas em casa. O desenvolvimento de protocolos de PCR “livres de extração”8,9, em que a saliva é adicionada diretamente à mistura de reação do ensaio RT-qPCR sem extenso processamento de purificação de RNA, aumentou ainda mais a aceitabilidade clínica deste tipo de amostra5. Isso levou a Federal Drug Administration (FDA) a aprovar amostras de saliva e um protocolo de PCR direto para testes de saliva, denominado Saliva Direct10, para detecção de SARS-CoV-2 sob regulamentos de autorização de uso de emergência (EUA).

Apesar dos benefícios da saliva como uma alternativa simplificada à amostragem NPS, a sua implementação prática para detecção de SARS-CoV-2 de alto rendimento tem se mostrado um desafio para laboratórios de diagnóstico11. A saliva bruta é viscosa e pode congelar logo após a coleta6. Isto dificulta a pipetagem manual ou em um manipulador de líquidos automatizado. São necessárias etapas discretas para reduzir sua viscosidade, que incluem diluição em tampões específicos4,12,13 ou incubação com Proteinase-K5, seguida de tratamento térmico (95 °C por 30 min), para inativar o agente desproteinizante. Estas etapas pré-analíticas, embora simples de implementar, têm de ser realizadas manualmente, impondo assim uma carga de trabalho adicional a um laboratório clínico. Para amenizar isso, foi sugerida a coleta de saliva em meio líquido como meio de transporte universal/viral (UTM/VTM)14. No entanto, a natureza inibitória destes agentes de liquefação/estabilização dificulta a implementação do protocolo Saliva Direct original, forçando os laboratórios de diagnóstico a processar amostras de saliva utilizando métodos padrão de purificação de RNA15,16,17. Este caminho de teste não é apenas demorado, mas é contrário aos objetivos originais do protocolo Saliva Direct, que procurava tornar os testes de SARS-CoV-2 acessíveis, especialmente para ambientes com recursos limitados.